include_pathを相対で指定してると、chdirした場合にそこからの相対になっちゃうのね。
.htaccessとかで相対指定しててかつchdirする必要がある場合、処理の最初で絶対に変換して再セットするのがいいんかな。

あとPATH_SEPARATORって定数があるんだって。

追加するときは
set_include_path(get_include_path() . PATH_SEPARATOR . '追加するパス');
みたいな。